Анализа чистоће пептида се обично изводи помоћу течне хроматографије високих{0}}течних перформанси (ХПЛЦ). Примарни циљ анализе масене спектрометрије је да се потврди молекулска тежина; тренутно, главне технике које се користе за анализу пептида су електроспреј јонизациона масена спектрометрија (ЕСИ-МС) и матрична-масена спектрометрија уз помоћ ласерске десорпције/јонизације (МАЛДИ-МС).
Анализа састава аминокиселина открива типове и количине аминокиселина присутних у пептиду, док је основни принцип који лежи у основи анализе секвенце амино киселина Едманова деградација.
Методе за идентификацију секундарних структура пептида укључују кружни дихроизам (ЦД), нуклеарну магнетну резонанцу (НМР), дифракцију Кс- зрака, између осталог.
Током процеса синтезе у чврстој{0}}фази, различите нечистоће-као што су делеционе секвенце, секвенце уметања, погрешно{2}}погрешно спрегнути пептиди, епимеризовани пептиди и оксидовани пептиди-могу да се генеришу. Идентификација таквих нечистоћа{5}}повезаних са пептидима се обично постиже коришћењем течне хроматографије-тандем масене спектрометрије (ЛЦ/МС/МС); ЛЦ-МС омогућава тачно одређивање масе пептида, док се МС/МС користи за разјашњавање његове секвенце. Додатно, ХПЛЦ хроматографске технике се могу користити да би се постигло ефикасно одвајање и детекција.
У синтези пептида у чврстој{0}}фази, ефикасност купловања се првенствено процењује откривањем присуства слободних амино група на смоли; овај метод детекције је познат као Кајзеров тест (или Нинхидрин тест). Ако су присутне слободне амино групе, развија се плава или црвенкасто-браон боја.