Методе за хемијску синтезу пептида укључују синтезу пептида у-фази у раствору и синтезу пептида у чврстој-фази. Синтеза пептида у фази раствора укључује спајање аминокиселина у раствору; обично иде у правцу од Ц-терминала до Н-терминала и погодан је за синтезу кратких пептида (нпр. оних који садрже мање од 10 аминокиселина). Уобичајено коришћене стратегије заштите укључују БОЦ (терц-бутилоксикарбонил) и З (бензилоксикарбонил) методе. Овај приступ нуди предности као што су нижа цена и лакоћа{12}}повећавања, иако захтева пречишћавање међупроизвода. Коришћени примарни реагенси за купловање су карбодиимидног типа (нпр. ДЦЦ); међутим, они могу да изазову споредне реакције рацемизације, које се могу потиснути додавањем адитива као што је ХОБт.
Основни принцип синтезе пептида у чврстој{0}}фази укључује имобилизацију Ц-терминалне амино киселине пептидног ланца на чврсту подлогу (као што је смола). Ланац пептида се затим прогресивно издужује кроз низ корака који се понављају који укључују уклањање заштите, активацију и спајање; правац синтезе углавном иде од Ц-терминуса до Н-краја. Главне коришћене стратегије заштите су БОЦ (терт-бутилоксикарбонил) и Фмоц (9-флуоренилметилоксикарбонил) методе, при чему се Фмоц метода појавила као доминантан приступ због својих благих реакционих услова. Обично коришћени реагенси за купловање укључују реагенсе типа карбодиимид- (нпр. ДЦЦ) и соли онијума (нпр. ХБТУ). Након синтезе, пептид мора да се одцепи-обично коришћењем реагенса као што су ТФА или ХФ- да би се елуирао са подлоге од смоле.
Одабир методе синтезе пептида зависи од дужине пептидног ланца и специфичних карактеристика његове секвенце: синтеза у чврстој-фази нуди високу ефикасност и лако је подложна аутоматизацији, што је чини добро-погодном за синтезу пептида средње-(нпр. приближно 30 аминокиселина); обрнуто, синтеза-фазе раствора је погоднија за производњу кратких пептида. За „тешке“ пептиде-као што су секвенце склоне агрегацији или оне које садрже специјализоване аминокиселине-могу се користити алтернативне стратегије, као што су псеудопролински метод или *орто*-хидроксибензил- методе заштите.